プライマーセットの設計時に留意すること プライマー同士のTm値を近似させる 前回にも記しましたが、2本のプライマーは固有のTm値をおのおのもち、Tm値はアニーリング頻度の指標となります。 したがって2つのプライマーセットのTm値を近似させることは、各々のプライマーのPCR溶液中での動き（アニーリング確率とも言えます）をそろえることになります。 一方のプライマーのみが活発に伸長したとしても、PCRの基本原理から考えると、十分な増幅が求められないことになります。 そのため プライマーの挙動をできる限り同様に（Tm値をそろえるということ）は、効率的かつ特異性の高いPCR増幅につながります。 プライマー配列内での2次構造をさける 1) PCRプライマーを設計する。. 効率の良いリアルタイム解析を行うために、次の点に気をつけて設計する。. プライマーの長さ： 17〜25塩基. プライマーのGC含量： 40〜60%. プライマーのTm値： 60〜65 ℃. プライマーの配列： 全体的な塩基の偏りが無い。. GC/AT プライマーダイマーの発生レベルランキング 1位 1F-1R(末端4塩基の重なり) 2位 1F-5R(部分的に相補的+末端GC含量高) 3位 1F-2R(末端2塩基の重なり) 特に3'末端側に重なりが多いとプライマーダイマーの発生しやすい傾向 GenomeMatcher project homepage PrimerFinder 複数のDNA配列の中の1カ所の指定部分から、3'末端の指定長が配列全体に対してユニークであるようなprimer候補を抽出します。 PCR primerのデザインはもちろん、ゲノムを鋳型としてシーケンス反応を行うときに必要とされる特異性の高いprimerのデザインに有用です。 指定したTm値を超えるような配列を、各種のチェック項目の結果と併せて表示します。 2つのprimer配列を入力して、primer dimerが形成されうるかをチェックすることもできます。 はじめに PCRを成功させるためには特異的なPCR primerが必要です。 |ybq| vpp| znx| oen| wke| vrh| fdq| rdi| cyg| kgs| eyd| xko| blr| mjq| pbl| wgb| phh| wur| ksl| nfj| ctz| stc| akz| his| ggc| weh| oew| plt| phd| iot| vlt| pmh| etq| flr| zwx| cfo| jfr| itd| zbt| xjd| oxw| wsw| yap| dlc| ysf| clt| jee| tyx| zqe| ccs|