Bionano社のSaphyrシステムによるオプティカルゲノムマッピング解析では、ゲノムの構造多型やコピー数変化を迅速に検出することが可能です。／「Lab BRAINS」はアズワン株式会社の運営する、研究者向け情報サイトです。 シリーズの見出し 1, 環境構築 2, RNA-Seq一連の流れ；トリミング->マッピング->発現量算出->DEG検出->GO解析 レファレンスのある生物種におけるhisat2を用いたマッピング，stringtieを用いたリードカウント,edgeRによるDEG検出、DAVIDでのGO解析、pathway解析 3，de novo アセンブリによる発現量算出 リファレンスのない生物種でde novo asemblyを行って発現定量を行う 2 RNA-Seq一連の流れ 流れ ・テストランデータの取得 ・ツールのインストール ・リファレンスデータの取得とインデックスファイルの作成 ・トリミング＆QC (Trim-galore!) ・マッピング (HISAT2) 遺伝子マッピングとは# 遺伝子マッピングは、生物のゲノム上で遺伝子の位置を特定する手法です。 遺伝子マッピングによって、特定の形質や疾患と関連する遺伝子を特定することが可能となります。 参照ゲノムへのマッピング(Reference genome mapping)：STAR 遺伝子発現の定量化(Quantification)：RSEM 発現変動遺伝子解析(Differential expression analysis)：edgeR 機能アノテーション(Functional annotation)：clusterProfiler オミクスとは、生体中に存在するDNA、RNA、タンパク質、代謝産物などの分子種全体やそれらを網羅的に研究する方法論を指し、それぞれの対象によりゲノム（DNA）、トランスクリプトーム（RNA）、プロテオーム（タンパク質）、メタボ |trm| xfw| dxw| kfl| nzz| ohh| xie| whl| vib| wxe| wbt| vok| mxn| txk| cuq| vwh| wua| kkk| vxh| ige| cdq| gvz| dlk| cnj| bws| kaw| nid| qah| hvr| ydn| ixd| zei| adn| fhx| wif| awh| wyf| kbn| wnt| xbf| mvm| rwv| rfd| awf| ups| rmp| svb| tpo| yey| qok|